公司扣款是否违法主要取决于扣款金额和比例。以下是相关法律规定及扣款限制：
《工资支付暂行规定》第十六条
如果因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
经济损失的赔偿可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
《劳动法》第五十条
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《劳动合同法》及相关劳动法规
用人单位对劳动者的罚款没有法律依据，用人单位并不享有对劳动者罚款的权利。
扣款行为必须基于合法的事由，且扣除金额和比例需符合法律规定，否则属于违法行为。
扣款比例和最低工资标准
公司扣款不得超过员工月工资的20%。例如，员工月工资为5000元，企业最多只能扣除1000元。
扣款后的工资余额不得低于当地最低工资标准。若扣除后的工资低于当地月最低工资标准，则企业需要按照最低工资标准支付。
建议
用人单位在扣款时必须严格遵守上述法律规定，确保扣款行为合法、合理，并保存好相关证据，以备员工投诉或法律诉讼之需。
劳动者若认为公司扣款行为违法，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。