非法用工的调查主要由 劳动监察部门负责。具体来说，劳动者可以向劳动保障部门、公安机关、工商行政管理部门等国家行政机关举报非法用工行为。
劳动监察部门：
负责接受劳动者对非法用工行为的举报和投诉，并进行调查。如果举报属实，劳动监察部门将提供主要线索和证据，并可能给予举报人奖励。
公安机关：
对于非法使用童工等严重违法行为，劳动者可以直接拨打110报警，由公安机关进行调查处理。
工商行政管理部门：
对于未经工商部门登记的单位非法用工行为，劳动者可以向工商部门举报，工商部门将依法进行处理。
建议劳动者在发现非法用工行为时，首先向当地劳动监察部门举报，并提供详细信息和证据，以便劳动监察部门能够及时介入调查。如果情况严重或涉及其他违法行为，也可以同时向公安机关和工商行政管理部门举报。