扶余市位于吉林省松原市代管县级市，地处吉林省西北部、松原市东部。具体地理位置如下：
扶余市位于吉林省长春市北偏东方向，两地之间距离大约为160公里左右。
扶余市地处松嫩平原东北部边缘，位于吉林省西北部，松原市东部。
扶余市南与德惠市、农安县、前郭尔罗斯蒙古族自治县隔松花江相望，北与黑龙江省大庆市肇源县、哈尔滨市双城区相邻，东与榆树市接壤，西与松原市宁江区毗邻。
扶余市的地理坐标为北纬44°50′至45°30′，东经124°40′至126°12′。
扶余市是沟通黑龙江省和辽宁省的重要公路和铁路交通枢纽。