房贷分两次扣款的原因主要有以下几点：
银行还款方式
批量扣款：银行在处理大量的房贷还款时，会采取批量扣款的方式。这种方式可以更好地管理贷款资金，提高还款效率。
等额本金还款方式
本金分摊：等额本金还款法是将贷款总额等分，然后每月偿还相同数额的本金和剩余贷款在该月所产生的利息。由于本金逐月减少，利息也会逐月减少，导致每月还款额不同。
多次扣款：在房贷还款日当天，银行系统会多次进行扣款，第一次扣款失败后会进行第二次扣款，直到房贷扣满为止。
还款日与结清日不一致
多次扣款：有时，房贷的最后一个月要还两次，是因为还款日与房贷结清日并不一致。在还款日当天系统会发起第一次扣款，而在房贷还清日当天系统又会发起扣款。只要最终的还款金额没有问题，这种安排并不会导致错误扣款。
余额不足
第二次扣款：如果房贷扣款余额不足，系统会在补上金额后进行第二次扣款。用户应确保在扣款日前将足够金额存入还款账户，以免因余额不足而产生滞纳金和影响个人信用。
综上所述，房贷分两次扣款主要是由于银行还款方式的批量处理、等额本金还款方式的本金分摊和多次扣款安排，以及还款日与结清日的不一致等因素。用户应根据自己的还款方式和实际情况，确保在还款日前足额存入资金，以避免不必要的麻烦。